目标考核旨在科学公正地评价各市食品药品安全监管工作，提高保障全省饮食用药安全水平。年度考核目标分为工作目标和控制指标，从2012年度目标考核标准看，工作目标主要考核各市在食品药品安全方面的组织领导、专项整治、监管能力建设等六项工作开展和落实情况，控制指标主要考核各市监管成效，从餐饮食品安全、保健食品化妆品安全、药品安全、医疗器械安全四个方面共细化了16个考核项目。

　　考核采取评分制，标准分值为100分，其中，工作目标考核40分，控制指标考核50分，经公众满意度测评，社会评价占10分。考核对照当年度标准采取逐项扣分办法，直至该项标准分扣完为止。得分90分以上的为优秀单位，80分至89分为良好单位，60分至79分为合格单位，59分以下为不合格单位。考核结果经相关程序适时向各市通报。

　　根据考核办法，有四种情形之一的，将“一票否决”，分别是餐饮服务环节发生重大及以上食物中毒责任事故的;发生重大以上药品安全突发事件的;发生生产、销售、使用假劣药品、医疗器械(医疗机箱)、保健食品、化妆品严重危害人体健康或致人死亡案件的;发生社会舆论普遍关注并造成恶劣社会影响的餐饮服务食品、保健食品、化妆品安全或药品安全事件的。